Claro que puedes registrar el dominio en un sitio y alojarlo en otra empresa. Es una práctica habitual.
Lo mejor que puedes hacer para enterarte de cómo configurar esto es solicitar ayuda a las empresas donde tengas registrado el dominio y donde quieras alojarlo. Ellos te dirán el procedimiento exacto a seguir. No obstante, te doy unas ideas:
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En la empresa donde vas a alojar la página, tienes que enterarte de los servidores de DNS que tienes que configurar en el dominio, para que se sirva desde sus servidores. Te darán un servidor de DNS primario y uno secundario.
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En la empresa donde tienes registrado el dominio tienes que preguntar cómo configurar el dominio para asignarle las DNS que te habían dado. Te dirán que lo hagas a través de un panel de control en web, o bien enviando un correo electrònico a soporte para solicitar los cambios.