Hola! No creo que sea por los permisos del archivo que no se te actualicen los cambios se los archivos.
Los permisos adecuados para los archivos son 644, por lo que los tienes correctos en tu servidor.
El problema de que no se actualicen las páginas suele ser debido a la caché. Si ya tienes nociones de HTML, CSS y PHP quizás ya lo sepas, pero te dejo un artículo que explica los mejores trucos para que la caché del navegador no sea un problema para ti en la etapa de desarrollo.
A ver si es eso! ya nos cuentas!
Miguel Angel
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