Para conseguir cambiar los permisos a todos los archivos de una carpeta, para poner los sugeridos por Miguel, adecuados de cara a la seguridad, se tiene que hacer lo siguiente:
sudo chmod 644 *
Pero si aún así tienes problemas con estos permisos, el problema puede ser debido a que a veces los archivos pertenecen a otro dueño y por tanto no te deja editarlos, por ejemplo el usuario root, y tu intentas trabajar con ellos con el usuario típico de apache, que es www-data.
Por tanto, a veces necesitas cambiar el dueño de estos archivos, aparte de ponerle los permisos correctos.
Esto lo consigues con este comando:
sudo chown www-data:www-data *
Espero ayudar, pues así he conseguido resolver mi problema.