Si quieres evitar que parpadee toda la pantalla tienes que usar Ajax, cargando solamente un código que te permita saber el valor ese que quieres recibir. Pero no sé si lo permitirá el sistema de PLC que estás usando para obtener ese valor.
Dado que estás usando una tecnología muy propietaria de tu PLC, es complicado darte una respuesta sobre cómo tendrías que montarlo. Ese código que mencionas :="webdata".VARIABLE: no lo he visto nunca y no se parece a ningún lenguaje del servidor que conozco.
Si pudieras aislar un archivo que solo tuviera ese código, lo podrías traer por Ajax. Ya veo que que usas jQuery en tu código, y que estás usando las funciones de Ajax. Te recomiendo que las estudies con calma para entender lo que estás haciendo. Está todo explicado en el manual de jQuery.
Pero lo que tendrás que cambiar de tu código es la parte que haces el load, porque eso cambia prácticamente todo el contenido de tu página, por eso parpadea. Tienes que usar las funciones de Ajax como $.get() que te permite traer solo un dato y luego actualizar con ese dato la parte de la página que necesites.
Lo que respecta a cambiar el estilo del body o de la tabla es muy sencillo.
Parece que en el caso de cambiar el body lo estás haciendo bien. Para cambiar el fondo de la tabla con Javascript lo ideal es que uses un identificador en la tabla:
<table id="mitabla">
Y luego te refieras a ella mediante ese ID, para cambiar el color con Javascript usando algo como esto:
document.getElementById("mitabla").style.background = "red";
Pero de todos modos, ya que estás usando jQuery, puedes usar el método css() que proporciona jQuery, que facilita bastante las cosas.