SCP acepta el flag "-r" que permite realizar la subida (o descarga) de todos los archivos de una carpeta y todas las carpetas que tenga, de manera recursiva.
Este modificador -r funciona más o menos igual que cuando lo usas en otros comandos como por ejemplo "cp" para copiar archivos.
scp -r ./* user@4.8.9.8:/var/www/example.com/storage/folder
Esto haría que se subieran todos los archivos de la carpeta donde te encuentras en el terminal (la carpeta actual, con todos los archivos y todas las subcarpetas). Se subirá al servidor a la ruta /var/www/example.com/storage/folder.