Respuesta rápida:
Ese flag (-S) sirve para que se almacene la dependencia en tu package.json.
Respuesta detallada:
El comando npm i -S @foo/bar es una forma de instalar un paquete usando npm.
La opción -S hoy en día no hace nada en particular, ya que es el comportamiento predeterminado de npm.
-S es una abreviatura de --save, que era necesario en versiones anteriores de npm (versión 4.x y anteriores) para agregar el paquete instalado a la sección dependencies de tu archivo package.json. Esto son las dependencias que deben de ser instaladas en producción.
Sin embargo, a partir de npm versión 5.0.0, el comportamiento predeterminado cambió, y ahora cuando instalas un paquete usando simplemente npm install <paquete>, se añade automáticamente a las dependencies en tu package.json, sin necesidad de especificar --save o -S. Aun así, algunas personas siguen usando -S por costumbre o para asegurarse de que el comportamiento sea claro para quienes puedan estar menos familiarizados con las versiones más recientes de npm.