En mi experiencia, una de las principales falencias de jQuery es la organización, ya que al ser una librería, uno puede organizar los archivos y aplicarlo de la forma en que le paresca, lo cual a la larga si se trabaja en un proyecto con constantes cambios, donde participan diferentes personas, no es factible ya que se hace difícil de mantener, sin un estándar que todos conoscan. Los frameworks de hoy corrigieron estos puntos, brindandote un marco de desarrollo estándar, una forma de trabajar definida que todos sepan y el proyecto sea mas fácil de mantener.
Por otra parte la evolución de Javascript ha sido importante en los últimos tiempos, permitiendo aplicar de forma mas natural paradigmas como la Programación Orientada a Objetos. La cual trae muchos beneficios a la hora de desarrollar que los frameworks modernos aprovechan.
Hay proyectos en los que aspectos como el performance, mantenibilidad, y otros son muy importantes, lo cual a la hora de tomar desiciones y elegir las tecnologías, muchos (por no decir todos) hacen de lado jQuery y optan por tecnologías que tiene todo lo que jQuery puede brindar y mucho mas, con el adicional les permitan cubrir esos aspectos antes mencionados.
Si actualmente tienes un proyecto con jQuery y esta funcionando bien y cumple con los objetivos requeridos, no seria necesario migrar a una nueva tecnología. Pero si como crecimiento profesional, es menester que investigues y aprendas de frameworks y librerias modernas Javascript como React, Angular, Vue, entre otros, los cuales te enseñaran nuevas formas de realizar proyectos.
Saludos!