Para ordenar los datos relacionados atendiendo al contenido de la tabla pivote tienes que hacer dos cosas:
- En la relación traes datos de la tabla pivote con "withPivot"
- A continuación ordenas por los campos que te has traído de la tabla pivote, haciendo la notación tabla_pivote.campo_a_ordenar
El código en tu modelo te quedará así, más o menos:
public function tags() {
return $this->belongsToMany('App\Tag', 'user_has_tags')
->withPivot('updated_at')
->orderBy('user_has_tags.updated_at', 'desc');
}