Si, es perfectamente posible controlarlo desde un modal, ya que el modal pertenece a la misma página donde ese temporizador está funcionando y comparte el mismo árbol DOM y el mismo contexto de ejecución de Javascript.
En el caso que estuviera en una página aparte el control sería mucho más complicado. Si la página aparte fue abierta por la primera, donde está el temporizador, como un popup, es posible que se pudiera controlar usando Javascript.
Si la página aparte no fue abierta por la primera no lo podrías hacer solo con Javascript, sino que tendrías que usar algún lenguaje del lado del servidor para poder mandar señales de control y en la otra página recibirlas en tiempo real, lo que no es para nada inmediato. En este caso alguna utilidad como Firebase o Pusher te facilitarían las cosas.