Parece que esa carpeta todavía la necesitas en tu sistema para hacer el vagrant reload --provision
.
¿Has probado a restaurar esa carpeta, o volverla a crear con cualquier contenido antes de hace el reload? Quizás así te pille los cambios y te permita hacer el reload -- provision.
En principio no hay ninguna caché del homestead.yaml, pero si la hay quizás se resetea justo al hacer el vagrant reload --provision
.
Dinos cómo te ha ido... Suerte!