No entiendo muy bien el problema en el que te encuentras, pero en el caso de los gif animados, puedes usar Fireworks...no sé si puedas convertir el flash, directamente en gif, pero seguro existe la forma, flah guarda ciertas imagenes de la animacion en jpg, gif... echale una mirada a las configuraciones flash, y en la Ayuda Flash, y la de Fireworks. No me imagino por qué los menus no aparecen con el flash. Te aconsejo que no desistas, a menos que por la naturaleza de la animacion quede mejor en gif.
Jonas