Vesta CP tiene una estructura de usuarios, los cuales tienen como planes de alojamiento, que pueden disponer de varios dominios.
En el caso más clásico (predetermiado) trabajas con el usuario "admin".
Los dominios creados por este usuario están en el disco en la localización:
/home/admin/web/
Por lo tanto tu dominio example.com debería estar en:
/home/admin/web/example.com
Si no es esta tu estructura y quieres simplemente localizar los archivos, puedes hacer una búsqueda del archivo por su nombre, con este comando:
find / -name *palabra*
Supón que tu dominio se llama "dominioquebusco.com", podrías buscar archivos en el servidor que tengan ese nombre:
find / -name *dominioquebusco*
O incluso también:
find / -name *dominioquebusco.com*