El comando ln es el que crea los enlaces.
El flag -s lo que hace es crear un enlace simbólico en vez de un enlace duro. Enlace simbólico (symbolic link) y enlace duro (hard link) son dos maneras distintas de crear enlaces de unos archivos a otros. En realidad las dos son referencias al archivo original. Aquí el que nos interesa hacer es la versión de enlace simbólico.
La forma de crearlos es esta:
sudo ln -s /etc/nginx/sites-available/example.com /etc/nginx/sites-enabled/
Cambiando las rutas también vale para Apache, ya que tiene una estructura de carpetas de trabajo entre sites-enabled y sites-available similar.
Cómo borrar un enlace simbólico
A veces también necesitamos borrar un enlace simbólico, para lo que usamos el comando unlink
sudo unlink /etc/nginx/sites-enabled/example.com