Las vistas que procesas al volcar los datos con la librería de DOMPDF no ejecutan el Javascript.
No se me ocurre mucho que puedas hacer para que se ejecute y se procese ese Javascript, presentando el resultado en la página, la verdad, ya que nunca se va a ejecutar el código al convertirse el HTML a PDF.
La única solución, me temo, sería que realizases en PHP los procesos de Javascript, realizando las conversiones en el documento en el lado del servidor, antes de procesar el HTML para generar el PDF.
Es un trabajo extra, pero creo que no hay mucha opción.
Opción $isJavascriptEnabled
Existe una opción de configuración de DOM PDF llamada $isJavascriptEnabled que puedes encontrar en la documentación de DOMPDF.
Sin embargo esa opción no procesa el Javascript como tú querrías para volcarlo como contenido en el PDF. Más bien es una posibilidad de crear Javascript que el cliente de lectura del PDF podría ejecutar, pero dependería del programa con el que lees el PDF y creo que generalmente ignorarán ese código.
Mira el propio código de DOMPDF donde explican esa propiedad de configuración que igual te aclara algo más.
/**
* Enable inline JavaScript
*
* If this setting is set to true then DOMPDF will automatically insert
* JavaScript code contained within <script type="text/javascript"> ... </script>
* tags as written into the PDF.
*
* NOTE: This is PDF-based JavaScript to be executed by the PDF viewer,
* not browser-based JavaScript executed by Dompdf.
*
* @var bool
*/
private $isJavascriptEnabled = true;