Para hacer una consulta con distinct y traterte todos esos identificadores, tienes dos partes.
- Primero que seleccionar el campo que necesitas
- Luego hacer el uso del método distinct() del query builder de Laravel Eloquent.
$distinctTasks = TaskDailyTracking::select('task_id')->distinct('course_id')->where('user_id', '=', $userToReport->id)->get();
Luego, si solamente quieres una colección con los identificadores de las tareas, en vez de la colección con los modelos TaskDailyTracking, podrías usar el método pluck() de las colecciones:
$distinctTasks = TaskDailyTracking::select('task_id')->distinct('course_id')->where('user_id', '=', $userToReport->id)->get()->pluck('task_id);
Eso es todo, pero ten en cuenta que para que distinct te funcione en este caso solamente tienes que traerte el 'task_id' al hacer el select().