Muy fácil, aunque la verdad un poco escondido!
Tienes que entrar con Sequel Pro en la base de datos que quieres borrar, conectando con el servidor y, si en esa conexión tienes varias bases de datos posibles, seleccionar la que quieras borrar.
Una vez tengas la base de datos abierta, en el menú superior de Sequel Pro hay una opción:
Base de datos > Eliminar base de datos...
Te pedirá confirmación sobre si la quieres borrar o no y listo. Solo ten cuidado de haber entrado verdaderamente en la base de datos que deseas borrar para no liarla!!