Rodrigo, Lo que deseas hacer es bien sencillo. Realmente existe una función de cadena de MySQL que lo podrá hacer por ti mismo.
Se trata de la función LOWER
que simplemente tenemos que indicarle entre paréntesis el campo de la tabla que queremos recibir en minúsculas.
Te indico un ejemplo de consulta usando esta función de cadena:
SELECT lower(nombre_pais) FROM pais
Como ves, la función lower está aplicada sobre el campo nombre_pais.
En este caso recibirás todos los países de la tabla, pero con todas las letras en minúsculas.
Espero haberte ayudado. Puedes consultar otras muchas funciones para cadenas en la ayuda de la documentación MySQL. En Desarrolloweb.com también encontrarás un manual.