Te veo un poco perdido! Generalmente se usa nginx como proxy inverso para aplicaciones desarrolladas en NodeJS y a veces también para Python. No sé si es el caso, porque no lo comentas (puedes editar la pregunta si lo ves conveniente).
En cualquier caso, para concretar sobre el tema de la pregunta, activar gzip en ngnix, lo tienes que hacer en el archivo "ngnix.conf".
La localización de ese archivo la encuentras en la carpeta "/etc/nginx". La ruta completa sería esta:
/etc/nginx/nginx.conf
Sin embargo, dependiendo de tu distribución de linux esa localización puede variar (Tampoco mencionas tu distro). Esa ruta que te he indicado sería en un servidor Ubuntu, o uno basado en Debian.