Dentro del directorio de phpmyadmin hay un archivo de configuración llamado config.inc en ese archivo existe una línea en la cual debes cambiar config por http , sale comentado en ese archivo.
Haciendo ese cambio, cuando trates de entrar por IE se abrirá una ventana en donde te pedirá un usuario y clave.
Saludos espero que te sirva....
Rodrigo Molina