Hay bastantes aplicaciones al respecto por lo que no te puedo decir ninguna en particular.
A continuación muestro una lista de ellas, de forma que las puedas echar un vistazo y decantarte por la que mas comoda te resulte.
Navicat 2004 :tiene un módulo gráfico muy interesante para realizar "Querys".
SQLyog: la versión Enterprise ofrece ventajas interesantes, principalmente cuando se tiene la BD en un hostig que no permite conexiones remotas al servidor SQL que no sea desde localhost.
MySQL Control Center
MySQL Front
DBDesigner 4: sistema para el diseño visual de bases de datos.
Esta última aplicación también funciona con otras bases de datos.
Hay muchas más pero estas son las más sencillas para los principiantes.