El iPhone puede dar diversos problemas debido a la fragmentación de las versiones de iOS, que están ligadas a las versiones de Safari, Chrome, etc., que son todos el mismo navegador porque Apple no acepta otros motores de navegación en sus dispositivos.
Lo que puede pasarte es que la plantilla funcione con solamente versiones de iPhone modernas o versiones de iPhone antiguas.
Yo lo solucionaría de esta manera:
- Primera opción: Debug en Safari para el iPhone en concreto, para ver si consigues solucionar el problema. Así verás posibles errores de Javascript que estén ocurriendo, pues me da la sensación que el problema va por ahí.
- Segunda opción si no lo sabes resolver: Cambiar de plantilla o hacer tú mismo el menú.
Sinceramente, lo ideal es no usar una plantilla y mucho menos Bootstrap. A mi modo de ver esas cosas solo hay que usarlas cuando ya sabes perfectamente manejar todo lo demás (HTML, CSS yJavascript). Así podrías realizar las cosas por tu cuenta, porque tienes un dominio total de los lenguajes y herramientas. En ese caso, puedes ahorrar tiempo instalando plantillas de otros y, si surgen problemas, como sabes perfectamente hacer las cosas por tu cuenta, podrás solucionarlos perfectamente.