Es perfectamente correcto mezclar las unidades de CSS en un proyecto. Preferiblemente las que son relativas %, VW, VH, REM, EM... aunque también puedes usar absolutas (px, pt...) si lo necesitas.
Es necesario conocer cada unidad porque unas veces te viene bien usar una y otras veces otra unidad.
Sobre la recomendación de definir el tamaño de fuente de manera global en el documento, a través de los estilos en la etiqueta <html>, es colocar el valor de 100%.
html {
font-size: 100%;
}
Esto setea tu fuente de manera global a lo predeterminado en los navegadores, que generalmente es 16pt. Sin embargo, dependiendo del usuario esa configuración de base puede variar, porque depende de la configuración del equipo del usuario o del navegador. Por accesibilidad es importante respetar esta configuración.
Luego, como señalas, tendrías que colocar los tamaños de las fuentes todas relativas, para que se adapten a esta configuración de accesibilidad. Pero inclusive los tamaños de los márgenes y los espaciados también deberían ser relativos, asignados con unidades del estilo REM o EM, así los espaciados también dependerán de la configuración establecida por el usuario, lo que redundará en una mejor usabilidad de tu página.