Hola,
El fragmento de código que nos has puesto en tu pregunta tiene buena pinta.
Yo lo he probado y el slice() lo tienes bien. Debes tener algún problema con código que no estás mostrando en el enunciado de tu pregunta, o una interpretación incorrecta de lo que debería devolver.
He modificado un poco tu código para poder ejecutarlo, creando un array con valores ordenados que luego pueda usar para ejercitar el código.
var listSalarioOrdenado = [10, 20, 50, 60, 100, 120, 130, 180, 190, 198, 200, 220, 330, 380, 390, 598, 620, 630, 680, 690, 698, 700, 720, 730, 780, 790, 798];
//Mediana del top 10% más pobre:
const spliceCountPobres = parseInt((listSalarioOrdenado.length * 10) /100);
alert(spliceCountPobres);
const salariosColporcentaje10Pobres= listSalarioOrdenado.slice(0, spliceCountPobres);
alert(salariosColporcentaje10Pobres.length);
Con la ejecución de este código obtienes "2" elementos en el array resultado salariosColporcentaje10Pobres
por lo que entiendo que tu problema está en otro lugar que no nos has mostrado. El método slice() de Javascript está trabajando tal como se esperaba.