Primera cosa, no tiene mucho sentido usar dos frameworks CSS al mismo tiempo, ya que afectará muy negativamente a la optimización. Generalmente un framework CSS puede hacer un sitio poco optimizado, con lo que tener dos sería peor todavía.
Los efectos colaterales además que comentas me parecen bastante lógicos, porque un framework aplica estilos sobre los estilos de otro framework. No los conozco a fondo los dos como para decir qué clases se pueden superponer pero seguramente haya alguna clásica como "container" que sí se superponga. Aunque la verdad habría que analizar ese punto.
Yo de todos modos te recomendaría no ir por ese camino y quitarte uno de los dos frameworks CSS para que tu página esté más ligera.
Borja
314
6
25
17