Para proteger por clave un archivo comprimido .zip tienes que utilizar un programa que te permita la opción de compresión. Por ejemplo, el Winzip podría valer. Pero yo utilizo el 7-Zip, que es gratuito.
Para hacer un archivo comprimido por clave en 7Zip tienes que hacer un archivo comprimido normal. Para ello seleccionas desde 7 zip el fichero y apretas el botón agregar. Entonces te sale una ventana donde tienes que seleccionar el formato con el que quieres comprimir, por ejemplo el ZIP y la clave que quieres ponerle al archivo para que se pueda descomprimir.
Ojo no olvidarte la contraseña, pero creo que este tipo de compresión se puede saltar con cierta facilidad… aunque sólo he oído eso, nunca lo he intentado.