Mootools completo pesa unas 65Kb. Aunque tú puedes seleccionar los componentes que te interesan o que vas a utilizar, para conseguir un archivo menor.
Nosotros en los ejemplos utilizamos la librería completa, por no tener que preocuparnos por si tenemos o no una determinada funcionalidad cuando hacemos un nuevo script para el manual, aunque en la mayoría de los ejemplos sólo estamos utilizando un conjunto reducido de las posibilidades.
En tu sitio web podrías utilizar librerías de tamaños menores y Mootools tiene un sistema de descarga para poder seleccionar las librerías que te interesan.
De todos modos, 65Kb para todo lo que te ofrece Mootools no me parece tanto. Sobre todo porque la primera vez que acceden los usuarios a tu sitio se descargan la librería y en las siguientes páginas que consultan, o en futuras sesiones, ese archivo se trae desde la caché del navegador, por lo que no realentiza más. Osea, la descarga de la librería sólo se realiza una vez. Además, la mayoría de los servidores envían los archivos comprimidos a los usuarios (de manera transparente) y eso hace que la librería todavía ocupe menos transferencia de lo que realmente pesa cuando la tienes guardada en tu disco duro sin comprimir.