Los campos <input type="file"> de manera predeterminada permiten seleccionar un único archivo, pero esta es una configuración que se puede cambiar fácilmente.
Para ello simplemente tienes que usar el atributo "multiple" en la etiqueta <input>
Tu código HTML para este formulario te quedaría así:
<form action="index.php" method="post" enctype="multipart/form-data">
Archivo para subida: <input type="file" name="myfiles" multiple>
</form>