En realidad es simple, solo tienes que crear un id_empresa y en el formulario principal crear una lista desplegable con las empresas y nombre de usuario y contraseña. La sesion la puedes manejar con variables de sesion de php (http://www.php.net/manual/es/intro.session.php), con cookies o con algun metodo de persistencia. Por ejemplo nosotros manejamos asi las dependencias de gobierno, y el gobierno tiene muchos empleados incluso con nombres iguales.
Julio Cesar Sanchez