Escapado de string doble para seguridad en PHP

Me estoy encontrando con un problema en PHP cuando intento escapar un string para evitar ataques por inyección SQL (SQL Injection Attacks) al enviar cadenas que quiero guardar en base de datos MySQL. Estoy probando la función mysql_escape_string() y me he dado cuenta que debo utilizar mysql_real_escape_string(), pero con ambas me encuentro que el string que me escapa aparece doblemente escapado. Es difícil de explicar pero parece como si las cadenas tuvieran todas escapadas el caracter contrabarra y hace que las comillas y cosas similares tengan una contrabarra (backslash) antes. Por favor, podrían indicarme cuál es el modo de proteger una cadena en PHP para evitar un posible ataque por inyección SQL??? (para mysql).