Hola, lo que tú necesitas es forzarle al navegador a mostrarte la ventana de descarga de tu archivo, y paras eso tienes que modigicar los headers de una página que puedes llamarla download_file.php y el link puede ir a esa página con un parámetro al archivo que quieres descargar. Por ejemplo <span class="codigo">
<a href='download\_file.php?file=archivo\_pdf.pdf'>Descargar Archivo </a>
Y es recomendable que todos los archivos que ofreces para la descarga los tengas en una misma carpeta la cual puedes definirla en una variable global, en mi caso le llamaré FILES_PATH, luego en download_file.php puedes hacer:
$file = $_GET['file'];
if(file_exists(FILES_PATH . "/$file")) {
$data = fopen(FILES_PATH . "/$file", "r");
$size = filesize(FILES_PATH . "/$file");
$type= filetype(FILES_PATH . "/$file");
$file_content = fread($data,$size);
header("Content-type: $type");
header("Content-length: $size");
header("Content-Disposition: attachment; filename=$file");
header("Content-Description: PHP Generated Data");
echo $file_content;
} else {
echo "<script languaje='javascript'>
alert('This file was not found. Maybe was deleted or moved manually');
</script>";
} </span> Espero que te sirva. Saludos.