Dónde colocar mis scripts Javascript de plugins

Hay que puntualizar "todos los scripts" en plugin.js serían todos los códigos que contengan plugins o widgets, componentes, etc. de terceros. En realidad tus propios scripts se recomiendan poner aparte, creo que era en el main.js Pero esa no es mi recomendación sino la de la gente de HTML5 Boilerplate, de los que confío bastante en su buen criterio. Pero en general, usa la manera que más te convenga a ti. Lo que nunca recomendaría es poner los scripts de los plugins cada uno en un fichero e incluirlos todos de manera independiente, pues son muchas solicitudes al servidor y no es bueno por rendimiento y velocidad de carga de la página.