Efectivamente, puedes crear dos archivos bat:
start.bat y stop.bat
dentro de start.bat guardas lo siguiente:
Apache.exe -w -n "Apache2" -k start
dentro de stop.bat guardas lo siguiente:
Apache.exe -w -n "Apache2" -k stop
Esto lo he probado para el Apache2, y es necesario que estos archivos se encuentren ubicados dentro de la carpeta bin de tu servidor apache, o donde encuentres el archivo Apache.exe, si no lo haces asi, tendrás que darle la ruta hacia ese archivo.
Luego lo único que tienes que hacer es programar a la hora que se ejecutara cada archivo. Espero que esto te ayude.