Puedes probar con el comando "du" (disk usage), que te permite ver el uso de disco de las carpetas. Si le pones -h te da una lectura sencilla de los tamaños, usando K, M, G, lo que facilita ver los espacios que ocupan:
du -h
Esto lista recursivamente todos los tamaños de las carpetas y de las subcarpetas, pero si lo haces por ejemplo en la raíz de tu disco te va a resultar igualmente imposible de bucear por tantas carpetas que van a aparecer. Por ello te resultará más útil todavía este otro comando.
du -h --max-depth=1
Esto hace lo mismo que el comando anterior, te muestra el tamaño de los directorios que tienes en una carpeta, pero sin listarte todo lo que tienen adentro, lo que resume perfectamente el tamaño que tienes. La salida sería algo como esto:
[...]
16M ./etc
16K ./srv
7.6M ./run
16M ./sbin
20K ./home
33G ./var
4.0K ./mnt
15M ./bin
4.0K ./lib64
211M ./boot
[...]