La verdad es que conectar por línea de comandos con MySQL y conectar por PHP poco tiene que ver.
Si tienes un script PHP que quieres que se conecte contra la base de datos tienes que escribir la sentencia de conexión en PHP.
$mysqli = mysqli_connect("localhost", "usuario", "contraseña", "basedatos");
Tan sencillo como eso. Luego ya usas las funciones de PHP para trabajo con MySQL, que se encuentran documentadas en la web de PHP en la extensión MySQLi.
En este artículo de DesarrolloWeb también tienes algo: Actualización de funciones mysqli Y en el Manual de PHP información más detallada, solo que algunos artículos usan la extensión de MySQL antigua que era "mysql" en lugar de "mysqli".
Ya luego, si preguntabas ¿Cómo ejecutar eso en Linux? (Centos o cualquier otra distribución es lo mismo), necesitas un servidor web y haber instalado la extensión de PHP. Lo típico es Apache. Tienes más info aquí: Instalar Lamp, Apache - MySQL - PHP, en Linux pero ojo que las versiones de PHP o MySQL van cambiando por lo que igual tendrías que buscar los comandos adecuados para versiones modernas.