Siiiii, es una pregunta bastante común... seguro que te podemos ayudar.
Para transformar un número en una cadena con ceros a la izquierda en JavaScript, puedes utilizar el método padStart que se encuentra en los strings.
Pero ojo, ya que es un método de las cadenas (strings) de Javascript, si tienes un número primero tendrás que transformarlo a una cadena, es muy fácil...
let numero = 1;
let numeroStr = numero.toString().padStart(4, '0');
console.log(numeroStr); // "0001"
numero = 41;
numeroStr = numero.toString().padStart(4, '0');
console.log(numeroStr); // "0041"
En este código:
El lugar donde convertimos el número a una cadena es en toString().
Entonces puedes ya usar el método padStart para rellenar la cadena con ceros a la izquierda hasta alcanzar una longitud de 4 caracteres.
De esta manera, independientemente del valor de numero, siempre obtendrás una cadena con cuatro dígitos, rellenando con ceros a la izquierda cuando sea necesario.
Un saludete y suerte con tu código!