Lo más normal es colocar los scripts Javascript justo antes del cierre de la etiqueta <body>
[... contenido de la página ...]
<script src="mis-scripts.js"></script>
</body>
Esto se hace así porque generalmente el Javascript tiene que ponerse en marcha cuando el navegador ha procesado el HTML. No sirve de mucho que el navegador procese el Javascript cuando el usario todavía no ha podido ver el contenido de la página. Además, el Javascript muchas veces debe operar con los elementos de la página, para modificarlos dinámicamente y ésto se tiene que hacer cuando los elementos han sido cargados por el navegador. Por todo ello se suele poner en la mayoría de los casos antes de cerrar la etiqueta <body>.
Poner los scripts en el <head> puede hacer que el navegador se entretenga descargando Javascript que no necesita ejecutar previamente a la carga del contenido de la página, lo que puede reducir el tiempo de carga y por lo tanto el rendimiento. Dependiendo del tamaño del código Javascript y del número de archivos que se deban cargar, esto puede ser más o menos representativo, pero la optimización de colocar los scripts antes del </body> no suele estar de más.