Hola, O no entiendo la pregunta o lo que tu quieres es hacer varias consultas a una base de datos en un mismo archivo y dependiendo de ciertas cosas, bien pues es tan sencillo como colocar if y realizar una consulta o otra. También puede ser que quieras hacer consultas a diferentes bases de datos, lo que me haría preguntarte porque no tener toda la información en una única base de datos con sus diferentes tablas... Bueno espero haberte aclarado algo y si no es asi por favor aclaranos tu la pregunta...
Sonia