cambiar tamaño del texto en una caja alert() de Javascript

Los alert, prompt y confirm son creados por el navegador y sus estilos visuales dependen enteramente de éste.

No forman parte del DOM y por lo tanto no se les puede aplicar estilos ni por CSS ni por JavaScript.

No se puede, en su lugar usa plugins de terceros como: https://github.com/craftpip/jquery-confirm