El comando chown es bastante sencillo de utilizar. Pero ojo, porque al cambiar el propietario del archivo, no vayas a colocar un propietario cualquiera, que puede agravarse el problema.
Para saber el propietario que debas poner, y también para confirmar que sea ese tu problema, mira el propietario de un archivo que sí que puedas actualizar con tu FTP.
Puedes averiguar el propietario de tus archivos haciendo un: ls -l
En el listado verás dos campos de texto con el propietario y el grupo.
-rw-r--r-- 1 apache www 168 mar 26 2011 archivoejemplo.php
En el anterior archivo listado, "apache" es el propietario y "www" el grupo. Si ese archivo lo puedes sobreescribir desde tu FTP, tendrías que poner esos mismos propietario + grupo en tu archivo conflictivo.
Por ejemplo, situándote en el directorio donde está el archivo que quieres afectar, podrías hacerlo así.
chown apache:www tuarchivo\_conflictivo.html
Ahora, imagina que quieres cambiar todos los propietarios de los archivos de un directorio, podrías hacerlo así:
chown mipropietario:migrupo \*
Claro que deberías estar en el directorio donde quieres cambiar todos los archivos.
Ahora, imagina que quieras cambiar el propietario y grupo de todos los archivos de una carpeta y de todos los subdirectorios que tenga, recursivamente.
chown -R usuario:grupo .
Por precaución, toma cuidado siempre al enviar comandos que modifiquen todos los archivos y todos los archivos de todos los subdirectorios!!!
Te sugiero que busques más información sobre el comando chown en la Wikipedia: http://es.wikipedia.org/wiki/Chown