El problema puede ser que si tienes enlaces relativos y no la ruta específica tu Internet Explorer no reconozca la ruta, verifica la ruta de cada enlace y trata de ser mas específico en las etiquetas... en Internet Explorer es un poco "problemático" con respecto a otros exploradores, ya que su forma de interpretar los comandos es distinta y para los webmaster resulta engorroso...
Ayuda con Enlaces locales
Resulta que estoy aprendiendo esto de el lenguaje html, gracias a esta gran pagina, mi problema es que me hice un ejercicio para reforzar el conocimiento de enlaces locales, pero al hacer un enlace (y esta correctamente escrito y ruteado) y dar click en este no hace nada,tratando de buscar respuestas, me di cuenta que esto solo me pasas en internet explorer, ya que si abro esta misma pagina en Mozilla Firefox si cumple su trabajo el enlace. Que podra ser?