En DesarrolloWeb tenemos muchos artículos que te pueden ayudar, pero si lo que necesitas actualmente el como manejar base de datos en PHP, te recomiendo que leas el artículo Trabajar con bases de datos en PHP y que revises también el manual de Programación en PHP donde seguro encontraras cosas bastante interesantes sobre este lenguaje.
Respondiendo un poco a tu pregunta, te diré que si tienes que cargar datos en una base de datos MySQL, no se realiza como estás acostumbrado en Access. Aquí no puedes alterar la base de datos y volverla a subir, sino que tienes que hacer los cambios directamente en el servidor de base de datos que tenga la página web. La base de datos MySQL está en el servidor, pero no en un archivo determinado somo los de Access, sino directamente con los datos cargados en el servidor.
Tendrías que cambiar las tablas que necesites o actualizar los registros adecuados en el propio servidor lanzando consultas o sentencias SQL al servidor MySQL. Como alterar los datos con sentencias SQL puede ser un poco tedioso, te recomendaría instalar en el servidor de hosting de tu cliente la aplicación web PhpMyAdmin, que es una herramienta PHP para administrar una base de datos MySQL y actualizar los datos de las tablas. Muchos servidores de Hosting ya tienen instalado PhpMyAdmin para actualizar las bases de datos, por lo que antes de instalarlo te recomiendo preguntar si ya está incluido en el alojamiento de tu cliente.
Puedes encontrar más información de PhpMyAdmin en DesarrolloWeb.com.