Lo primero comentarte que cuando instales varios sistemas operativos en un equipo tienes que particionar los discos e hacer particiones con los sistemas de archivos específicos para cada sistema operativo.
Otra recomendación es que instales primero los sistemas windows ya que este machaca el sistema de arranque de otros sistemas operativos.
Una vez instalado el Windows puedes instalar el Linux sin problema ya que el sistema de arranque de este te gestiona todos los sistemas operativos que tengas instalados.
Linux tiene varios gestores de arranque que tu seleccionas a la hora de la instalación, yo te recomiendo utilizar el Lilo, aunque podrías utilizar sin problemas el Grub.