Dentro de este directorio el sistema guarda los archivos de configuración del sistema y de las aplicaciones instaladas en el mismo.
Como puedes ver se trata de un directorio bastante importante que no conviene tocar si no conoces bien el funcionamiento del sistema.
La estructura de directorios que normalmente se crea en un sistema linux sigue el estándar FHS. Si quieres saber más sobre este estandar puedes visistar la siguiente dirección http://www.pathname.com/fhs/