Teniendo montado en la maquina linux el cliente samba, es muy fácil.
Tienes que montar una carpeta compartida como parte del sistema de archivos en la maquina windows, ejemplo:
"c:mi_carpeta" donde se encuentran los archivos que quieres pasar a la maquina linux.
Luego en la maquina linux, montas una unidad de red con el cliente samba, que sería algo parecido a esto:
mount -t smbfs -o username=usuariowindows,password=passwindows
//nombre_maquina_windows/mi_carpeta /mnt/sm1
Este comando tendrías que escribirlo en una sola línea.
Con esto ya tendrías una carpeta de red que funcionaria como en windows. Solo tendrías que copiar los archivos en la carpeta y listo.
Si no quieres escribir el comando para montar el directorio cada vez que arranques configura el archivo /etc/fstab para que se monte automáticamente en el arranque del sistema.