Evitar que pida confirmación al cerrar una ventana

Si te refieres a la alerta que sale cuando no se ha llenado un formulario, la solución es colocar la siguiente línea:

window.onbeforeunload = null;

Con esto no saldrá esa alerta

Que yo sepa no puedes... sólo se me ocurre que evites puedes evitar cerrar la ventana principal. Las ventanas secundarias no se pregunta si se desean cerrar, osea que pudes limitarte a cerrar las ventanas que se han creado por medio de Javascript.

Deberías pensar en cambiar un poco el modo de funicionamiento de la página para solucionarlo. A mi no se me ocurre otra cosa.

Abriendo la ventana con el método open del objeto Window y guardando la referencia a ese objeto window:

var popup1 = window.open('miventana.php', popup1);

Luego puedes cerrar las ventanas con el método close() y no debería salir ningún mensaje porque la ventana la abriste tú mismo.

popup1.close();