Que yo sepa no puedes... sólo se me ocurre que evites puedes evitar cerrar la ventana principal. Las ventanas secundarias no se pregunta si se desean cerrar, osea que pudes limitarte a cerrar las ventanas que se han creado por medio de Javascript.
Deberías pensar en cambiar un poco el modo de funicionamiento de la página para solucionarlo. A mi no se me ocurre otra cosa.
Miguel Angel Alvarez