La verdad es que hubo un tiempo que existían varios programas para crear Gifs animados, pero lo cierto es que en estos momentos no conozco un software específico para ello, excepto Photoshop que tiene opciones bastante intersantes y por lo que tengo entendido también se puede desde Gimp.
Sin embargo hay muchos softwares que permiten exportar un trabajo que tengas realizado a Gif Animado. Algunos editores de vídeo como Adobe Premier o Screenflow. Muy probablemente tu editor permita opciones de exportación a Gif animado, simplemente echa un vistazo en la ayuda.
Actualizado: Photoshop en las nuevas versiones permite crear Gifs animados, directamente desde dentro de Photoshop. Tiene una ventana de animación, para organizar los fotogramas del gif animado. Luego puedes guardar estos archivos con diversas opciones de optimización. Este tema está visto en uno de los vídeos del Canal de Photoshop.
Respuesta antigua: A partir de la versión 5.5 de Photoshop ya se pueden crear animaciones. Para ello existe un programa complementario (se instala junto con Photoshop 5.5 en adelante) que se llama Image Ready, que sirve para hacer cosas como Gifs animados, animaciones en páginas web, romper un diseño en distintos sectores, etc. (Desde hace mucho Image Ready dejó de existir, simplemente integraron sus utilidades dentro del propio Photoshop)