Tu pregunta es bastante típica y yo todavía no he encontrado nadie que de una solución que satisfaga a todos... Cuando un navegador detecta que el tipo de archivo lo puede abrir en su propia ventana, lo hace. Eso pasa con los .doc o .pdf, tal como indicas, pero también con los .txt o los .xls (de Excel) y, por supuesto con los .html o .htm, que son páginas web y por tanto las muestra en lugar de proponer su descarga.
La solución que ofrezco yo es comprimir esos archivos en un .zip y así siempre se descargarán, pero se que, para determinados visitantes sin mucha experiencia, puede ser un engorro ofercerles los archivos comprimidos.
Otra idea es cambiar la extensión al archivo y avisar al usuario que debe cambiarla en sus ordenadores antes de poder ejecutarlos. También muy engorroso, pienso que no es muy interesante.
Si alguien tiene otra idea, la estamos esperando... gracias.