Si, puedes hacer eso sin ningún problema. Tienes un taller que explica cómo hacerlo:
Scripts distintos para cada navegador
Miguel Angel Alvarez
Cómo tener dos scripts en la misma página para dos navegadores
¿Puedo tener en la misma página dos scripts, uno que se ponga en marcha o que se incluya en caso de que entren con Internet Explorer y el otro para los usuarios de Netscape?