Una vez instalado el Apache, en el directorio raíz de la instalación, se encontrarán los siguientes directorios:

bin: ficheros ejecutables del Apache.

conf: ficheros de configuración del servidor.

error: ficheros con los mensajes de error del servidor, en varios lenguajes.

htdocs: directorio raíz por defecto del servidor (Se guardan las páginas Web).

icons: directorio donde se encuentran los iconos que utiliza el servidor (entre otras cosas para mostrar estructuras de directorios).

logs: directorio donde se almacenan los registros de acceso y errores del servidor.

manual: directorio donde se encuentra el manual del Apache.

proxy: Directorio con los ficheros de la cache del servidor.

Básicamente las configuraciones del servidor residen dentro de dos ficheros, el de configuración principal que se encuentra dentro de la carpeta conf, con el nombre httpd.conf, o dentro de un fichero con el nombre .htaccess que se puede encontrar dentro de cualquier directorio que se encuentre mapeado dentro del servidor. Dentro de cada uno de estos ficheros se ubican las directivas de configuración. Muchas de estas directivas de configuración se pueden encontrar tanto dentro del fichero de configuración principal como dentro de un fichero .htaccess. Los valores de las directivas que se encuentran dentro de un fichero .htaccess, prevalecen frente a los valores de configuración especificados dentro del fichero httpd.conf.