en lo personal creo que no hay tanta diferencia, en lo que a un buscador se refiere la diferencia entre usar div's o tablas se hace ver en la programacion y mantenimiento, se supone la el roobot de los buscadores esta preparado para filtrar todo el codigo html no así javascript o flash, por lo que todo lo que en teoria sea una etiqueta no quedara indexado, y la manera mas eficiente de que se indice es respetar los estandares, ahora la diferecia como comentaba se va a ser visible a la hora de programar y actualizar, qusas al programar las div's sean mas manejables desde un programa editor y las tablas son algo "complejas" para quien no esta familiarizadas, pero ahora el uso de una tabla es que se va apintar como y en donde tu la estas biendo siempre, mientras que un div no siempre es así, y el mantenmiento se hace una pesadilla ya que las div son ubicadas por cordenas o porcentajes y una vez que un texto crece o algo cambia hay que volber a redistribuir todas las div para que el sitio se vea bien y eso muchas veces es un dolor de cabeza (te lo digo x experiencia), las div usalas pero con medida conocsco sitios que han sido hechos atravez de pura divs y son muy dificiles de mantener si tu pagina es completamente estatica puesde contemplar esta opcion pero lo peronal no las recomiendo en lo mas absoluto miestras que las tablas por lo general colocan el texto donde lo pusistes y se recalculan las dimenciones automaticamente cuando el texto crece.
ahora la opcion mas biable y mas acosejable de mi parte es crear una estrucutra en html(tablas) estandar y atravez de clases css dar el formato que requieras, una forma de saber si un robot va a poder navegar en tu web, es visitarla en un explorador en linea de comandos algo realmente obsoleto para el uso comun pero así es como en teoria un explorador ve tu sitio, lo que no veas en linea de comando no lo verá el roobot, otro consejo es no coloques menus en flash o javascript o si lo colocas asegurante de generar un menu alternativo en html estandar ya que los buscadores no pueden buscar dentro de los codigos flash (segun google lo hace pero le falta mucho para ser eficiente) y tampoco pueden ejecutar javascript por lo que todas las ligas que construyas atravez de estas tecnologias lo mas seguro es que sean invisibles para el buscador...
PD: di no a las div's!